Большие объемы накапливающихся осадков (особенно на станциях очищения городских сточных вод) создают трудноразрешимую задачу по их утилизации. Биологическая обработка — самый успешный прием удаления органических веществ из городских сточных вод. Действие биологических очистных систем базируется на том, что перемешанные культуры вирусов разлагают и устраняют коллоидные и растворенные органические вещества из раствора. Характеристики среды, в какой присутствуют мельчайшие организмы в очистном сооружении, непрерывно контролируются; к примеру, активный ил в достаточном количестве снабжается кислородом для укрепления аэробных данных.
Сточная вода содержит биологическую еду, калорийные вещества, для роста бактерий, и мельчайшие организмы. Лица, неизвестные с очищением сточных вод, нередко задают вопросы: откуда получают «особые» биологические культуры. Бессчетные разновидности микробов и простейших, находящиеся в домашних сточных водах, работают на очистных установках в виде начальной биологической затравки. Затем, посредством тщательного контролирования расхода поступающих сточных вод, рециркуляции микроорганизмов после их осаждения, снабжения кислородом и использования других приемов получается вывести желательные биологические культуры, которые сберегаются для обработки грязных стоков. Биопленку на поверхности загрузки биофильтра получают пропуская сточную воду через фильтр. Через несколько недель фильтр имеет возможность устранять органические вещества из сточной воды, орошающей фильтр. Активный ил в механической или же диффузно-воздушной системе начинает работать при подключении аэраторов и подачи сточной воды.
Для сбережения в достаточном числе биологической культуры, в начале цикла необходима высокая степень рециркуляции отстоя со дна вторичного отстойника. Но через краткий промежуток времени созревает стабильный активный ил, который отлично извлекает органические вещества из сточной воды. При подключении в работу анаэробного сооружения приходится решать более значимый вопрос, так как метанообразующие бактерии, необходимые для протекания процесса брожения, немногочисленны в необработанной сточной воде. Помимо всего этого, данные анаэробы растут довольно медлительно и требуют определенных внешних условий. Запуск анаэробной установки может быть ускорен при заполнении тенка сточной водой и заселении ее необходимым количеством бродящего ила из близлежащей очистной установки. Сырой осадок сначала подают с не значимой порцией загрузки, а для поддержания должного значения pH в метатенке, в необходимых объемах вводят известь. Даже при выполнении данных условий, необходимо несколько месяцев для того, что бы установка начала работать на полную мощность.